Tai viena švariausių upių Lietuvoje, joje nėra užtvankų, todėl ji priskirta prie pagrindinių Lietuvos lašišinių žuvų nerštaviečių. Žeimenos aukštupys yra Aukštaitijos nacionalinio parko teritorijoje, o vidurupyje įsteigtas Žeimenos kraštovaizdžio draustinis.
